戦後わが国は「民主主義国家」へと新しく生まれかわり、法人税もそれまでの「賦課課税制度」から、1947年（昭和22年）4月に「申告納税制度」へと移行しました。 しかし、当時の社会経済状況は極めて悪く、経営者が難解な税法を理解して、自主的に申告できるかどうか危ぶまれていました。このため、「申告納税制度」の定着には納税者自身が団体を結成し、その活動を通じて帳簿の整備、税知識の普及などを図る必要性が生じ、企業の間から自発的に生まれてきた団体です。

法人会が全国各地に発足すると、この納税者の組織をより強固なものとするため、まず都道県単位の連合体が結成されました。更に1954年（昭和29年）10月、法人会の全国組織として全国法人会総連合（略称 全法連）が生まれました。

全国の法人会が「社団法人」として法人格を取得することとなり、それに向けて1992年（平成4年）9月、法人会のさらなる発展を図るため、「基本的指針」と現在の「シンボルマーク」などを制定しました。

新公益法人制度のもと、全法連は2011年（平成23年）4月に公益財団法人に移行し、2014年（平成26年）4月には全ての法人会が新しい公益法人等に移行しました。2015年（平成27年）3月に新たな「理念」を制定し、「税のオピニオンリーダー」として、今後も「税」を中心とした公益性の高い事業活動をさらに推進していきます。